Copy Current System

まず、Copy先のパーティションをきれいに消します。
rootでnautilusを起動して慎重に。

現在のシステムを/oldにCopy
cp -ax / /mnt/old/
cp -ax /home /mnt/old/
cp -ax /boot /mnt/old/

-a, --archive
コピー先で、できる限り元のファイルの構成と属性を 保
持する (ディレクトリ構造体は保存しない)。 -dpR と同
じ。
-x, --one-file-system
コピーを始めたディレクトリと異なるファイルシステ ム
上 にあるサブディレクトリをコピーをしない。マウント
ポイントは同じファイルシステム上にあるのでコピー さ
れる。

念のためファイル構造をパーティションごとに確認。
umount /mnt/old/boot
umount /mnt/old/home
umount /mnt/old
fsck /dev/hda1
fsck /dev/md1
fsck /dev/md0
mount /mnt/old
mount /mnt/old/home
mount /mnt/old/boot

ちゃんとCopyされてるか確認します。
find / -path /proc -prune -o -path /mnt -prune -o -xtype f -exec cmp {} /mnt/old{} \;
かなり時間がかかります。ときどき、log fileやcache fileの違いが報告されます。

参考
Hard Disk Upgrade Mini How-To